岛田学校大暴走，让人类和寄生兽的共存设想彻底破灭。泉新一（染谷将太饰）的人生遭受巨变，他和里美（桥本爱饰）似乎也因此事件出现隔阂。另一方面，田宫良子（深津绘里饰）在生下孩子后心境渐渐发生变化，她设法令同伴以和平的方式融入人类世界，但是东福市市长广川刚志（北村一辉饰）则授意后藤（浅野忠信饰）等寄生兽中的死硬派抹杀新一、小右（阿部隆史配音）以及试图曝光寄生兽存在的自由记者仓森（大森南朋饰）。双方的战斗逐渐升级，全副武装的警方开始冲击广川盘踞的市政府，而新一和良子则将再次迎来生命的巨大考验……本片根据岩明均累计发行量超过1300万册的经典漫画改编

ある夜、土屋徹生（柄本佑）がふと目覚めると、そこは会社の会議室だった。いつものように家に帰ると、妻の千佳（鈴木杏）が言葉を失いおびえているようで、様子がおかしい。そこへ１歳だったはずの息子が起きてくるが、どう見ても４歳にはなっている。やがてひとりの役人が訪ねて来てこう言った――「あなたは亡くなったんです、３年前に」。テレビやネットには、死んだはずの人間が世界中でよみがえっているというニュースがあふれていた。だが徹生には死の記憶がない。会社の屋上から転落したというが、事故・自殺、どちらも身に覚えがなく釈然としなかった。もしや――生前、何かにつけてつきまとって来たあの男・佐伯（阿部サダヲ）に殺されたのではないだろうか？徹生の会社の警備員をしていた佐伯は、格差と孤独への恨みを徹生にぶつけ、嫌がらせを繰り返していた。深まる謎を前に、答えを追い求める徹生。だが千佳は何かを隠しているようだ。徐々に解き明かされていくそれぞれの心の闇。徹生たちは、もう一度人生をやり直せるのか。そして、その果てに見いだす真実とは……