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故事发生在“一二八”事变背景之下，上海南港码头建设工程发生一起重大金融诈 骗案，致使工程中断，在北平读书的才子曹奕文一家被害，紧接着探长黄启生意外死亡，案件草结。曹奕文为复仇回到了上海，来到因此案隐退江湖的大人物季先生身边，季先生摆设天局，牵出当年参与此案的诸多帮凶，经过周密布局收集证据，最终抓获了真凶。

1942年10月10日，汪伪政权举行了盛大的国民政府庆典。然而，一系列的军政要员遇刺事件，让身为特务处长王田香（王志文 饰）如坐针毡。在对女刺客（刘威葳 饰）的酷刑审问中，他获得了一条关键的情报——代号为老鬼的地下党已经混入了剿匪司令部。立功心切的王田香立刻向日本皇军特务机关长武田（黄晓明 饰）做了汇报。二人随即在裘庄布下了一个圈套，意图通过放出假消息逼老鬼现身。                                                                      　　在被怀疑的对象中，有司令的侍从官白小年（苏有朋 饰）、军机处长金生火（英达 饰）、剿匪大队长吴志国（张涵予 饰）、译电组组长李宁玉（李冰冰 饰）以及行政收发专员顾晓梦（周迅 饰）。在怀疑与排查中，武田与王田香不择手段软硬兼施，然而事情的发展却出乎意料…

1941年，太平洋战争前夕。世界局势动荡不安，新一轮大战一触即发。各国势力汇集魔都上海，暗流涌动，危机四伏。中共通过潜伏在日本高层中的共产党尾崎秀实，得到日军即将发动袭击珍珠港的计划，代号“东风，有雨”。经满铁高官中西正弘（三浦研一 饰）、中共情报人员安明（柳云龙 饰）之手，情报送往重庆，但珍珠港依然遇袭，太平洋战争旋即爆发。                                                                      　　在此之后，日方抓获军统情报人员，并得知尾崎秀实和中共的关系。尾崎遇害，中共情报小组的交通员（王宝强 饰）、报务员（刘璇 饰），安明一组渐渐和组织失去联系。这时，一枚藏有日本政府重大秘密的胶卷辗转来到上海。各方势力为此展开新一轮的明争暗斗…