八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀……                                                                      　　本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部

警界老油条阿辉（周润发 饰）生性风流，凭借自己父亲昔日手下沾叔（黄沾 饰）的维护，阿辉在警局虽然得不到升迁，但也落得清闲。新进警员曹里昂（李元霸 饰）的到来打破了这一切，曹大胆甚至莽撞的办案方式连累阿辉大出洋相，阿辉虽恨曹里昂，但碍于上司命令，不得不与曹搭档。                                                                      　　与此同时，毒枭罗茂森（徐少强 饰）的手下毒蛇炳将其交易的毒品调包私自出售，毒蛇炳之妹当娜（利智 饰）配合售毒。兄妹二人非法入港相依为命，希望藉由毒品生意改善生活。罗茂森团伙杀人引起警方注意，阿辉与曹里昂两人接手此案，他们很快从当娜身上得到了线索。而罗茂森亦发现毒蛇炳偷梁换柱的所为，一时间阿辉与罗茂森展开了对当娜的争夺…