2006年,为配合NDS版(钻石、珍珠版)的上市,TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》(PokémonDiamond&Pearl,简称DP)对战开拓区篇结束后,小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别,小胜回到了橙华道馆,小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励,独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥......
1988年7月,关东地区使用新型炸弹进行爆破,第三次世界大战即刻爆发。31年后,人类从一片废墟中重建都市,东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。  2019年的一个夜晚,新东京郊外的封闭高速公路上,暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年,是一名叫做金田的职业高中学生。 突然,街上出现......