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由于父亲欠下了一屁股债人间蒸发，无家可归的女儿桃园奈奈生（三森铃子配音）只得流浪街头。在这途中，奈奈生帮助了一位被恶狗追逐的男子，男子告诉奈奈生自己名叫御影（石田彰配音），而在得知了奈奈生的遭遇后，他意外的提出将自己的住处让给奈奈生。一间荒芜的神社——这便是御影所说的住处，奈奈生自觉上当，却也没有别的地方好去。更令她吃惊的是，御......

白滨兼一（关智一配音）是一个为人和善性格懦弱的内向少年，因为这性格，兼一没少受同学的欺负为了改变悲惨的现状，兼一决定改头换面重新做人，随即加入了学校的空手道部。没想到，在社团里，兼一的境遇并没有改变，因为被社员讨厌，兼一即将被驱逐出社团，唯一幸免于难的方法就是在于社员的比武中获胜，这对于兼一来说，几乎是不可能完成的任务。名叫风林......

真实身份谜团重重、每个人都有着复杂背景的危险一家——赤井家族。在来叶崖假死的FBI探员赤井秀一，《名侦探柯南绯色的不在证明》以他为中心展开，揭开了赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉、玛丽等人的个性，以及他们几人之间的关系。故事的高潮则在讲述赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。在某个事件中，赤井秀一的宿敌、代号为波本的安室透从FBI那打听到......

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的......

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在..........

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 　　园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气......

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯......

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯..........

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友..........